乡镇诊所的管理部门主要涉及 卫生行政部门和 乡镇政府。具体来说，诊所通常由县级卫生局或城市区卫生局发放许可证并监管，而乡镇卫生院则同时接受县政府和县卫生部门的监督和管理。此外，根据《医疗机构管理条例实施细则》第七条，卫生计生行政部门依法独立行使监督管理职权，不受任何单位和个人干涉。
因此，乡镇诊所的管理部门可以是县级或市级的卫生行政部门，同时也会受到乡镇政府的协助和支持。这种管理体系确保了医疗机构的合规性和服务质量，同时也便于政府对医疗资源进行合理分配和管理。
