办理工资免税的流程如下：
登录到当地税务局网站。
点击“综合所得申报”。
点击“正常工资薪金所得”。
在申报界面输入员工的工资资料。
在“减免税额”处填写免税的金额。
返回到申报主界面，点击“减免事项附表”。
选择减免事项的类型和减免性质，再填写减免税额，最后点击“保存”。
点击“申报表报送”即可完成工资免税申请。
此外，还可以通过以下方式办理工资免税：
在手机上下载个人所得税客户端，进行实名注册。
填写相应信息，包括基本信息、辅助身份信息等。
主要分为住房、赡养、学习、教育和医疗等6大模块，选择继续教育类型并填写教育起止日期，最后提交申报。
符合减免税优惠的个人在发放工资薪金前，向财务处提交减免税申请及相关资料。
需要提供的资料包括《地方税务局减免税申请核准表》、残疾证、营业执照和税务登记证副本原件及复印件、身份证原件及复印件、劳动合同原件及复印件等。
将相关资料报主管税务机关办理，并等待主管税务机关核实和信息公开。
审核通过后，等待税务机关备案并报销领款，财务根据个人减免税事项进行纳税申报。
建议：
个人可以根据自身情况选择最便捷的申请方式，如通过税务局网站或个人所得税客户端进行申请。