摩托车被交警扣后，通常会被放置在 专用停车场或交警指定的存车处。具体处理流程如下：
摩托车被扣后，首先会被扣留在区域交警队指定的停车存放处。
对于电动摩托车，可能会临时存放在交警大院里，具体存放地点和时间取决于查扣时间。
车主需要携带相关身份证件（如身份证、驾驶证）和车辆的合法来源证明（如购买车辆时的发票）到交警部门接受处罚。
处理完交通违章后，车主需持有交警开具的罚款单前往指定停车场领取车辆。有些情况下，停车场可能会收取一定的停车费。
如果车辆达到报废标准或属于盗抢车辆，处理会更为复杂，可能需要交警强制报废并将车辆压碎处理。
如果车主在查扣之日起三个月内未办理认领手续，车辆将被相关部门强制处理并上缴国家财政部门。
建议：
车主在摩托车被扣后，应尽快携带相关证件到交警部门处理违章，并及时领取车辆，避免产生不必要的费用和麻烦。