黑车运营的管理主要涉及以下部门：
车管所是负责车辆注册、登记和管理的部门，对于黑车而言，车管所可以对其进行查处和管理。
公安交管局负责交通秩序管理、交通违法行为的查处，包括黑车的运营行为。
交警是公安交管局的一部分，负责在道路上巡逻、执法，对黑车等违法行为进行查处。
如果黑车涉及到道路运输经营，且未取得相关许可，则由县级以上道路运输管理机构负责责令停止经营，并处以罚款。
如果黑车运营涉及到刑事案件，则归公安刑警部门管辖。
综上所述，黑车的管理主要涉及车管所、公安交管局、交警以及道路运输管理机构。具体管理部门可能会根据地区和具体情况有所不同，但以上部门是主要的执法和管理机构。如果黑车运营涉及到刑事犯罪，则需移交公安刑警部门处理。