工程保证金的退还流程如下：
工程完工后，施工单位需组织建设单位、监理单位、设计单位及质量监督部门进行竣工验收。
验收合格后，各方需签署竣工验收报告，作为退还保证金的关键依据。
施工单位需填写退还保证金申请表，详细列明工程信息、保证金金额及缴纳时间等。
提供营业执照副本复印件、法定代表人身份证明、工程施工合同原件和复印件、农民工工资支付情况证明等。
施工单位需在当地报纸或相关媒体发布公告，声明农民工工资已结清，公告期一般需十几天至一个月。
施工单位向当地建设行政主管部门或保证金管理机构提交退还保证金申请及相关材料。
相关部门会对提交的材料进行审核，确保材料齐全且真实有效。
建设单位在接到申请后14天内会同施工单位进行核实，如无异议，应在核实后14天内退还保证金。
若逾期未返还，建设单位需按同期银行贷款利率支付利息，并承担违约责任。
若在公告期内有工友提出异议，施工单位需先解决工资问题，确保无争议后再进行保证金退还流程。
建议：
施工单位应提前准备好所有相关材料，确保材料的真实性和完整性，以加快退还流程。
在整个过程中，施工单位应与相关部门保持良好沟通，及时解决可能出现的问题，确保保证金能够顺利退还。