作废发票丢失了，可以采取以下措施处理：
发现发票丢失后，应于当日书面报告税务机关，并登报声明作废。详细报告发票的份数、字轨号码、是否盖章等情况，以便税务机关准确掌握情况并进行处理。
向主管税务机关报告丢失情况，说明作废发票的丢失原因、发票号码及开票日期等相关信息。税务机关会根据实际情况，指导你进行相应的补救措施。
如果作废的发票需要报销，可以向开具该发票的单位或商家申请补办。一般需要提供相关的证明材料，如购物小票、结算单据等，以证明该发票的真实性和作废情况。
如果无法补办发票，可以向开具该发票的单位或商家核查该发票的作废情况，以确定是否可以继续使用。
如果无法确定作废情况或者发票已被他人使用，可以向当地税务部门申报发票遗失情况，以避免发生不必要的税务问题。
为防止发票被他人恶意利用，建议在公开媒体上发布作废发票遗失的声明，以维护自身权益。
企业需自行完善内部记录，如通过内部系统标记该发票为已作废且遗失，确保后续税务审计或检查时能提供清晰的说明和证据。
若发票联和抵扣联均丢失，则需按照特定流程，由开票方复印发票并申请税务机关开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经收票方税务机关审核同意后，方可作为抵扣凭证。
通过以上措施，可以尽量减少因作废发票丢失带来的不便和风险。建议尽快按照相关规定办理，并与税务机关保持沟通，确保处理过程顺畅。